El Humedal de La Laguna de Zapallar, corresponde al último tercio del Estero de Catapilco y es un lugar de gran importancia para la reserva de biodiversidad regional. En efecto, la Estrategia Regional para la Conservación de la Biodiversidad Biológica CONAMA-PNUD (Junio 2005), declaró como Sitio de Prioridad en Categoría 1 de Ecosistemas Lóticos (ríos) al Estero de Catapilco por su Grado de Pristinidad (Nro. Identificador 30). Destaca la presencia de peces endémicos y con problemas de conservación: el Pejerrey de Río Odontesthes mauleanum y Pocha Cheirodon kiliani ; y además, establece como recomendaciones la necesidad de controlar la pesca y la caza ilegal. Señala como graves amenazas a la contaminación por agroquímicos, aguas servidas y otros, así como la erosión y la turbidez asociada, además de la presencia de especies exóticas como patos y gansos domésticos.

La Universidad de Valparaíso, junto con la Fundación Kennedy y la I. Municipalidad de Zapallar ejecutaron durante los años 2012 y 2013 el FPA denominado “Evaluación del Estado Ecológico del Estero Catapilco y su Relación con los Usos de Suelo de la Cuenca”, obteniendo importantes resultados que dan cuenta del mal estado del lugar.

El objetivo principal del presente proyecto es recuperar la biodiversidad del Humedal La Laguna de Zapallar, en especial la riqueza y abundancia de aves nativas, además de otorgar al lugar una figura de protección legal que permita detener actividades e intervenciones que amenazan con el deterioro y pérdida definitiva de este lugar. El logro de este objetivo conlleva necesariamente alcanzar otras metas, tales como la recuperación de la calidad del agua del humedal, la mantención de en volúmenes apropiados de agua y la restauración de bordes e islas del humedal, que rehabilita el servicio ecosistémico para la biodiversidad de refugio, reproducción y alimentación.